4、核酸 
   核酸有两种：核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）。     主要存在于细胞质中，除少量以游离态存在外，大多与蛋白质结合，以核蛋白的形式存在。它的主要功能是为合成蛋白质提供模板、运输工具和合成场所。含RNA的某些病毒和亚病毒，它们的感染力和遗传信息即由RNA所决定。DNA主要存在于细胞核中，也有少量以质粒形式存在于细胞质中。它是生物遗传变异的物质基础，起着传递遗传变异信息的作用。
   细菌和酵母菌细胞中核酸的含量较霉菌高。在同一种微生中，RNA的含量常随着生长时期的变化而变化，而DNA的含量则是恒定的；DNA的碱基对顺序、数量和比例通常是不变的，不受菌龄和一般外界因素的影响。因而用DNA碱基比例或 G+C的物质的量分数作为分类鉴定的指标，已在某些细菌和酵母菌的分类中得到应用。 
5、脂质 
   脂质物质包括脂肪、磷脂、蜡和 固醇等。脂质在细胞中或以游离状态存在，或与蛋白质等结合。它们存在于细胞壁、细胞膜、细胞质中，如某些微生物的细胞壁含有蜡质；磷脂和蛋白质结合，是细胞膜的组成成分；脂肪常以油滴状出现在细胞质中，作为贮藏物质；固醇在酵母细胞内含量较多，因它是维生素D的前体，故常用来生产维生素D。 
   微生物细胞内脂肪含量 因种和培养条件不同而相差很大，如产脂内孢霉、产脂球拟酵母和红酵母细胞中脂肪含量高达50%或更多。另外，含糖量高的培养基能促进脂肪累积。