目前国际上公认和普遍采用的细菌分类系统是伯杰氏分类系统。“原核生物”系统是近年来根据16rsRNA序列同源性建立的系统发育体系。另外还有一些以应用为目的的分类系统，如Prevot分类系统以生理特征为依据，应用于厌氧细菌；以医学细菌鉴定为目的的《医学细菌鉴定手册》。 
   伯杰氏细菌鉴定手册是本分类系统的标准指南，由美国细菌学家协会（现在的美国微生物学会）发起编写，最初指定伯杰作为编委会主席，并在1923年出版了手册的第1版，定名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》。随着细菌分类学研究的深入和发展，相继在1925，1930，1934，1939
1974和1994年出版了第2至9版。经过几十年的修订和补充使得该手册被国际上的细菌学家普遍接受和采用。 
   1984年至1989年陆续出版的4卷《伯杰 氏系统细菌学手册》，在着重于表观特征描述的基础上，结合化学分类、数值分类，特别是DNA相关性分析，以及16SrRNA寡核苷酸序列分析在生物种群间的亲缘关系研究中的应用，对细菌作了详细的阐述，体现了细菌分类的研究从表观向系统发育体系的发展。除此以外，还附有每个菌群的生态、分离、保藏及鉴定方法。手册主要依据表型将细菌划分为35群，所包含的菌群中除了1980年发表的《批准的细菌名称 目录》的属外，还包括了目前还未生效的种群，甚至一些没有正式分类命名的如与昆虫共生的不可培养的细菌，目的是激发细菌学家注意研究这些被忽视的种群。该手册将所有细菌归属于原核生物界，并根据季伯斯等人提出的细菌高级分类单位的建议，将细菌分为4个门： 
    （1）薄壁菌门 
             暗细菌纲
             不产氧光合细菌纲
             产氧光合细菌纲
（2）厚壁菌门
         厚壁菌纲
         放线菌纲
（3）软壁菌门
         柔膜菌纲
（4）疵壁菌门
         古细菌纲
该手册分4卷，第一卷关于一般医学或工业上重要的革兰氏阴性细菌（11群 ），第二卷关于除放线菌外的革兰氏阳性细菌（8 群），第三卷关于古生菌、蓝细菌和其他革兰氏阴性细菌（8 群），第四卷关于放线菌（8 群）。
1994年出版的《伯杰 氏鉴定细菌学手册》第9版几乎是《伯杰 氏系统细菌学手册》的缩写版，除了对细菌各属关键表观特征的描述外，属内各种的鉴定特征以表格的形式出现。这对于鉴定工作十分方便。鉴定手册共包括35群细菌，群的划分根据表观特征如形态、生理和营养类型。 
据悉将要出版的《伯杰氏系统细菌学手册》第2版将分为5卷，其分类体系按16SrRNA的系统发育关系进行编排。第2版将原核生物分为30组。5卷的内容大致安排如下： 
第一卷：1—14组，包括古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属； 
第二卷：15—19组，包括变形杆菌（属G-真细菌类）； 
第三卷：20—22组，包括低G+C含量的G+细菌； 
第四卷：23组，包括高G+C含量的G+细菌（放线菌类 ）； 
第五卷：24—30组，包括浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌和梭杆菌。