近年来，关于放线菌的分类归属问题存在分歧。过去人们一般认为国外比较有代表性的放线菌分类系统有两个：一个是前苏联的克拉西里尼科夫1965年提出的分类系统，一个是美国的瓦克斯曼1961年提出的分类系统。在国内，中国科学院微生物研究所的有关分类专家，吸收了瓦氏和克氏两个分类系统的优点，结合自己的研究工作，提出了“放线菌分科分属检索表 ”。其具体内容在中国科学院微生物研究所放线菌分类组编写的《链霉菌鉴定手册》一书中。 
    由于细胞生物学研究的深入和16SrRNA在生物进化系统发育研究中的应用，人们越来越清楚地认识到，放线菌和细菌同属原核生物。更有人认为，放线菌就是细菌的一部分。因此将放线菌的分类研究纳入细菌分类系统中，如在已经出版的《伯杰 氏系统细菌学手册》第1版第4卷中和即将出版的第2版第4卷中都记载 了有关放线菌分类的内容。