真菌感染的临床标本多数采用不染色直接镜检，可查到菌丝和孢子。有些深部感染真菌形态特殊，菌体较小，必须染色后才能更清楚地观察到其形态和结构。皮屑内的叠瓦癣菌及球孢子菌的菌丝在染色后关节孢子较为明显。尤其组织病理检查寻找菌体，更需要特殊染色。此外，染色标本有利于保存涂片，便于教学应用。 
1、材料
①标本。甲屑、皮屑、毛发等固体标本；脓汁、尿沉渣、分泌物等液体标本。 
②革兰染色液、瑞氏染色液、姬氏染色液、印度墨汁。 
2、方法 
（1）染色标本的制作标本是分泌物、脓汁、脑脊液，与细菌染色标本处理相同。临床病理标本如皮屑、甲屑、毛发等标本过厚时，须先用100—200g/lNaOH或KOH溶液处理5—20min，然后再在盖玻片一端加染色液，另一端用吸水纸缓慢地将100—200g/lNaOH或KOH溶液吸去，直到真菌染上色为止，最后封固。如标本是培养物，先在载玻片上滴上一滴100—200g/lNaOH或KOH溶液，然后轻轻地从菌落钩取菌丝，置于100g/lNaOH或KOH溶液中，用接种针轻轻分开，尽量保持菌丝原来的特殊结构，然后放上盖玻片，微微加热，加压排出气泡，之后进行染色。 
（2）染色方法：临床标本也可用革兰染色、瑞氏染色、姬氏染色等方法镜检，后两种染色多限于检出骨髓和外周血片中的荚膜组织胞浆菌。印度墨汁标本片常用于新型隐球菌荚膜负染色。裴氏染色为细胞学的一种染色方法，染液包括苏木素、伊红等染料，病人痰标本染色后酵母细胞胞质呈深色。胞壁无色。过碘酸-SchMF（PAS）和环六亚甲基四胺硝酸银染色为组织切片染色法。癣病标本多用KOH湿片检查，也可用荧光素染色，在荧光显微镜下观察。