如果临床怀疑有厌氧菌感染的标本,而分离培养为阴性,可能有下述失误。
(1)培养前未作标本的直接涂片和染色镜检。
(2)标本在空气中放置太久或接种的操作时间过长。
(3)未用新鲜配制的培养基。
(4)未用选择培养基,以抑制兼性厌氧菌生长。 
(5)培养基未加必要的补充物质,如氯化血红素、维生素K1等,它们对类杆菌特别是产黑素类杆菌的生长有促进作用,所以未加上述必要补充物质的培养基,厌氧菌不生长。
(6)用硫乙醇酸盐作为唯一厌氧菌培养基,而有些厌氧菌在该培养基中不能生长,故初代培养不应用硫乙醇酸钠。
(7)没有合适的厌氧缸或厌氧装置,或厌氧装置漏气,或其他原因导致厌氧环境不适宜(如厌氧缸内催化剂失活或氧化还原指示剂失效等)。 
(8)培养时间不足。
(9)厌氧菌的鉴定材料有问题,如鉴定用的培养基、试剂和抗生素纸片失效,都可能导致鉴定错误。