作为新药导向和寻找新药的重要途径。利用对毒素结构及其作用机制的研究成果，借助计算机辅助设计系统用以发现新药。
以毒素研制治疗癌症、受体症和免疫病的新药。例如，利用白喉毒素的A链与多种癌症细胞抗体连接研制出导向抗癌药物等。在黑色素瘤、乳腺癌等治疗上已有报道。
外毒素菌苗。绝大多数外毒素是蛋白质，注射于人和动物体内后能产生相应的抗体。这些抗体可有效地同毒素结合，干扰毒素与其靶细胞的结合，抑制其转运，如白喉类毒素、肉毒类毒素等。近年来根据某些细菌寄生于寄主黏膜细胞表面，并在其上分泌IgA，而IgA又能阻止毒素同寄主细胞的结合的原理，研制出一种新的霍乱口服菌苗，既含有细菌黏附素，又有霍乱毒素B亚单位，效果较好。此外，毒素基因工程苗的研究也相当活跃。
真菌毒素的去毒
一旦发现粮食有毒素污染后，能够除去毒素当然是很重要的途径。但是有些去毒方法不太经济，所以有些粮食污染后只有丢弃或作为肥料及发酵制酒精等用途。
去毒方法很多，不外乎物理去毒法和化学去毒法。例如含有黄曲霉的花生和含有呕吐毒素的小麦和玉米都较轻，可以用浮选方法去除部分含毒的粮食颗粒。结合肉眼和仪器检查和剔除，几乎可以除去99％含有黄曲霉毒素的花生。
化学方法中用氨处理黄曲霉毒素污染的玉米、花生和棉籽最为有效。经过这种方法处理的玉米等不仅营养价值不受损失，几乎黄曲霉毒素均被破坏，动物试验也发现无毒性。有些国家已采用此方法去毒。臭氧、氯气、亚硫酸等虽亦有效，但不及氨法去毒效果好。
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