聚合酶链式反应(PCR)  PCR技术因具有简便、快速、敏感性高和特异性强的优点，现已广泛应用于微生物检测、遗传病诊断等诸多领域。引物设计是利用：PCR检测沙门菌成功与否的关键，用来设计PCR引物的基因主要分3类，即属特异性引物基因、血清群特异性引物基因与血清型特异性引物基因。属特异性引物基因。

    ①hut基因——编码组氨酸转运操纵子。黄金林等根据其基因序列设计引物，建立了检测沙门菌的PCR方法，对沙门菌A～F各群种15株沙门菌、27株沙门菌现场分离株和其他10株非沙门菌菌株进行了扩增，结果沙门菌均显示出500bp大小的特异性条带，所有对照均不出现特异条带，显示了优良的属特异性。

    ②inv基因簇——编码吸附和侵袭上皮细胞表面蛋白。ZnU基因簇与沙门菌对肠道上皮细胞的侵袭有关，包括invA、invB、invC、invD、invE等基因。众多研究者均证实基于；inv基因簇设计的引物具属特异性，可用于鉴别沙门菌。李业鹏等根据invA基因设计引物，优化了PCR检测条件，建立了检测沙门菌属的PCR检测方法，并进行了人工污染沙门菌的食品(生肉、鸡蛋、火腿肠等)中沙门菌PCR检测方法的应用性研究。

③hilA基因——编码侵袭基因正调节蛋白。hilA是inv基因的正转录调节蛋白。

④fimA基因——编码1型菌毛主要的亚单元。fimA基因编码沙门菌工型菌毛主要的亚单元，介导与上皮细胞表面的特异受体相结合。H．J．Cohen等根据fimA基因设计特异引物，检测出牛奶等食品中的沙门菌。

    ⑤hns基因——编码与蛋白质结合的DNA。hns基因编码与蛋白质结合的DNA。

    ⑥spy基因——编码沙门菌毒性质粒相关的毒力因子。spy基因编码与沙门菌毒性质粒相关的毒力因子，与沙门菌的致病性有关。J．Mahon等根据鼠伤寒沙门菌spvR基因设计引物，特异性检测到具有该毒力相关基因的沙门菌，而不含质粒和质粒无该毒力相关基因的菌株则表现阴性。   

    ⑦16SrRNA基因。李君文等将常规PCR与半套式PCR相结合，以沙门菌中最保守的16SrRNA基因为模板设计了一对沙门菌属的特异性引物，经过优化反应条件，敏感性提高到3CFU。血清群特异性引物基因(rfb基因)编码沙门菌的菌体抗原(O抗原)。O抗原与沙门菌对宿主细胞的黏附、侵袭和在宿主细胞间扩散有关，是沙门菌主要的致病因子之一，刺激机体产生IgM抗体。目前沙门菌属分为A～Z、051—063、065—067等46个血清群。Luk等根据rfb基因序列分别设计群特异性引物，成功用于A、B、C2、D群沙门菌的检测。血清型特异性引物基因(沙门菌)的H抗原(鞭毛抗原)本质是蛋白质，是沙门菌重要的毒力因子，决定其对宿主细胞表面的吸附、侵入和定居过程，刺激机体产生IgG抗体。沙门菌的H抗原分为H1相和H2相，根据O抗原的不同分为46个血清群，各血清群再根据H抗原各相的不同而分成不同的血清型。八汇基因——编码H1相抗原。H1相又称特异相，特异性高，大多数沙门菌都具有HI相抗原，  目前型特异性引物的设计多是针对该基因。Wei等测出沙门菌几种不同的fliC基因序列，经序列对比分析后将沙门菌的fliC基因分为8个区，其中工区和Ⅷ区的保守性达到100％，李景鹏等利用自行设计的工区引物扩增沙门菌，证实该引物具有属特异性。此外对PCR扩增产物进行限制性内切酶酶切，进行限制性片段长度多态性分析(RFLP)也可区分不同的血清型。