鉴定菌种，至少要具备下面3个条件： 
1．待鉴定的菌种一定是纯种   
如果菌种不纯，所观察到的现象则是混合现象，这样自然不会得到正确的结果。因此在鉴定之前，首先要将菌种纯化。
 纯化方法，一般有2种：平板划线单菌落分离法和单细胞分离法。前一种操作简便，效果良好，适用范围广。 
2．选一本比较好的鉴定手册
鉴定时以此手册为标准，开展鉴定工作。根据多数人的经验，我们认为在细菌鉴定方面，使用《伯杰氏鉴定细菌学手册》一书较为合适。
 在具体鉴定时，可参看中国科学院微生物研究所细菌分类组编著的《一般细菌常用鉴定方法》一书。
在放线菌鉴定方面，可以参看中科院微生物研究所编著的《链霉菌鉴定手册》（1975年）一书。
真菌的鉴定可参看中科院微生物研究所编著的《常见与常用真菌》（1973年）一书。荷兰罗德的《酵母的分类研究》（1970年）一书，对酵母菌的分类有很大的实用价值。 
3．要有合适的鉴定方法
微生物种类繁多，特征各异，性状有主次之分。因此，在鉴定某种微生物时，要选用合适的鉴定方法，确定主要的测试项目。 
例如，鉴定的微生物若是霉菌，则菌落形态观察十分重要；
若是酵母菌，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的发酵和同化，硝酸盐的同化就是主要指标。