（二）氨基酸的分解 
     微生物对氨基酸的分解，主要是脱氨作用和脱羧基作用。 
1、脱氨作用 
   脱氨方式随微生物种类、氨基酸种类 以及环境条件的不同而不同，主要有以下几种方式： 
（1）氧化脱氨 
     这种脱氨方式须在有氧气参加的条件下进行。专性厌氧菌不能进行氧化脱氨。微生物催化氧化脱氨的酶有两类：一类是氨基酸氧化酶，以FAD或FMN为辅基；另一类是氨基酸脱氢酶，以NAD或NADP作为氢载体。氧化脱氨生成的酮酸一般不积累，而被微生物继续转化成羟酸或醇，如丙氨酸氧化脱氨生成丙酮酸，丙酮酸可借TCA循环而继续氧化。
（2）还原脱氨 
     还原脱氨在无氧条件下进行，生成饱和脂肪酸。能进行还原脱氨的微生物是专性厌氧菌和兼性厌氧菌。腐败的蛋白质中常分离到饱和脂肪酸便是由相应的氨基酸生成，如梭状芽孢杆菌可使丙氨酸还原脱氨成丙酸。
（3）水解脱氨 
     不同氨基酸经水解脱氨生成不同的产物。同种氨基酸水解之后也可形成不同的产物，如丙氨酸水解之后可形成乳酸，也可形成乙醇。 
（4）减饱和脱氨 
     氨基酸在脱氨的同时，其a，β键减饱和，结果生成不饱和酸，如天冬氨酸减饱和脱氨生成延胡索酸。
（5）脱水脱氨 
    含羟基的氨基酸在脱水过程中脱氨，如丝氨酸脱水后，经a-氨基丙烯酸、a-亚氨基丙酸，再水解脱氨成丙酮酸。 
2、脱羧基作用 
   氨基酸脱羧基作用常见于许多腐败细菌和真菌中。不同的氨基酸 由相应的氨基酸脱羧酶催化脱羧，生成减少一个碳原子的胺和CO2。 
    脱羧酶具有高度专一性，需要磷酸吡哆醛为辅酶，大多数是诱导酶。一元氨基酸脱羧后变成一元胺，如谷氨酸脱羧后变成r-氨基丁酸。
     在谷氨酸生产上应用此反应来测定谷氨酸。 
     二元氨基酸脱羧后变成二元胺。这类物质统称为尸碱，有毒性。肉类蛋白质腐败后常生成二胺，故不能食用，如赖氨酸脱羧后变成尸胺。
     微生物分解氨基酸的方式及其产物的不同，常用来作为鉴定菌种的一个生理生化指标。最常用的是吲哚试验和硫化氢试验，生成的吲哚和硫化氢可分别用吲哚试剂和重金属盐来检查。