与初级代谢产物的生物合成一样，抗生素的合成也受到酶合成的阻遏和酶活力的抑制等调节和控制。同时抗生素等次级代谢产物又是微生物分化阶段的产物，因此凡是调节和控制分化过程的因素都会对抗生素的生物合成产生影响，分化时的一些现象，如孢子形成和气生菌丝的产生等都会影响抗生素的产量。
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