分离得到了目的基因后，基因重组的第二步就是把目的基因装配到载体DNA。载体是在细胞群体中为目的基因片段提供增殖场所的DNA分子。载体应该具有以下性质：在宿主细胞中具有自我复制的能力；能够与各种分子量的外来DNA片段结合而又不会影响本身的复制能力；载体DNA经过细胞外重组后仍然能够顺利进入宿主细胞；载体DNA应该含有至少一个选择性标记，这样可以迅速而又可靠地筛选出含有载体DNA的细胞；对于一种或几种限制性内切酶，载体DNA上只有一个酶切位点。