和传统的高等动、植物分类一样，目前微生物的分类单元也依次分为界、门、纲、目、科、属、种。这是分类中所用的主要分类等级单元。有时在两个主要分类单元之间，可添上次级分类单元，如“亚门”、“亚纲 ”、“亚 目”、“亚科 ”、“亚属 ”等。在科与属之间有时还可有“族 ” 一级。 
    以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是： 
    门：真菌 门    
      纲：子囊菌纲       
        亚纲：原子囊菌亚纲           
           目：内孢霉 目   
            科：内孢霉科      
               亚科： 
                  属：酵母属      
                   种：啤酒酵母     
    属以上的单元都有一定的词尾。门的词尾是-phyta，纲的词尾是-myteces，目的词尾是-ales，科的词尾是-aceae，亚目的词尾是-ineae，亚科的词尾是-oideae。 
    在上述分类单元中，“种”是最基本的分类单位。什么是微生物的“种 ”？虽然迄今为止还没有一个统一的标准，但一般都认为：“种”是客观存在的，相对稳定的；种内的个体都是来自共同的祖先，有着相近的亲缘关系，同时在形态和生理特征上都表现出十分相似；然而由于各个个体所处的环境不同，彼此之间也存在着差异和不同程度的变异。当变异发展到一定程度，就会形成新的种。