获得纯化的微生物分离菌株后，首先需判定是原核微生物还是真核微生物。实际上在分离过程中所使用的方法和选择性培养基已经决定了分离菌株的大类的归属，从平板菌落的特征和液体培养的性状都可加以判定。然后，如是原核微生物，便可根据表所示的经典分类鉴定指标进行鉴定，如条件允许，可做碳源利用的BIOLOG-GN分析和16SrRNA序列分析。多项结果结合起来可确定分离菌株的属和种。 
                     表  微生物经典分类鉴定方法的指标依据 
        个体：细胞形态、大小、排列方式，染色反应，有无运动，各种特殊构造特征等 
        形态特征：菌落形态。在固体、半固体或液体培养基中的生长状态等 
        营养要求：碳源、氮源、矿质元素、生长因子等 
     经 生理生化特征：代谢产物种类、产量、显色反应等 
     典 
     分 酶：产酶种类和反应特征等 
     类 
     法 生态学特性：生长温度，对氧的需要，酸碱度要求，宿主种类，生态分布等 
        血清学反应 
        噬菌体的敏感性 
        其他