肉毒梭菌繁殖体的抵抗力一般。

肉毒梭菌芽胞抵抗力很强，可耐煮沸1～6小时之久，于180 ℃干热5—15分钟，120 ℃高压蒸气下10～20分钟才能杀死，但不同菌型有差别，A、B及F型芽胞的耐热性最强，C、D型次之，E型较弱，80 ℃ 20分钟即可杀灭。10%盐酸需60分钟，在酒精中可存活2个月。

肉毒毒素抵抗力也较强，80 ℃ 30分钟或100 ℃ 10分钟才能完全破坏。正常胃液和消化酶于24小时不能将其破坏，可被胃肠道吸收而中毒。 肉毒毒素对酸性反应比较稳定，对碱性反应比较敏感。