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一般卫生指示菌的选择标准：
有一定的代表性；
易于检出；
检测方法简单方便。
粪便污染指示菌的选择标准：
是人及温血动物肠道正常菌群的组成部分，且数量上占优势；
在被粪便污染的样品中易检出，未被粪便污染的样品中不存在；
排出体外后，在外环境中存活时间与肠道致病菌大致相同或稍长；
如作为饮水指示菌，对氯的抵抗力应不低于肠道致病菌或稍长，且进入水中不繁殖；
检验方法简单，易于检出和计数。
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