菌种鉴定工作是各类微生物学实验室都经常通到的基础性工作丨不论鉴定对象雇皤一类，其工作步骤都离不开以下三步：①获得该微生物的纯种培养物（pure culture）②测定一系列必要的鉴定指标_；③査找权威性的鉴定手册。

不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标.例如，在鉴定形态特征较丰富、形体较大的真菌等微生物时.常以其形态持征为主要指标；在鉴定放线菌和酵母菌时，往往形态特征与生理特征兼用；而在鉴定形态特征较少的细菌时，则须使用较多的生理、生化和遗传等指标；在鉴定病毒时，除使用电子显微镜和各种生化、免疫等技术外，还要使用一系列独特的方法（在本节中未予介绍）。

通常把鉴定微生物的技术分成四个不同水平：①细胞的形态和习性水平，例如用经典的研究方法，观察细胞的形态特征、运动性、酶反应、营养要求和生长条件等，②细胞组分水平，包括细胞组成成分例如细胞壁成分，细胞氰基酸库，脂类，醌类，光合色素等的分析，所用的技术除常规实验室技术外，还使用红外光谱、气相色谱和质谱分析等新技术。③蛋白质水平，包括氨基酸序列分析、凝胶电泳和血请学反应等若干现代技术，④基因或DNA水平，包括核酸分子杂交（DNA与DNA或DNA与RNA）, G+C mol%值的测定，遗传信息的转化和转导，16sRNA（核糖体RNA）寡核苷酸组分分析，以及DNA与RNA的核苷酸顺序分析等，在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标尚停留在细胞的形态和习性水平上，这类方法可称作经典的分类鉴定方法；从本世纪60年代起，后三个水平的分类鉴定的理论和技术即化学分类学开始发展，并为探索微生物的自然分类系统打下了坚实的基础，这些方法再加上数值分类法，可称为现代的分类鉴定方法。