革兰氏阴性细菌和革兰氏阳性细菌的鞭毛构造是不相同的，前者如E.coli，其鞭毛
基体由四个盘状物构成，它们分别称为L环（连在细胞外壁层LPS部位），P环(连在内壁的肽聚糖部位），S环（与周质空间相连）和M环（嵌入在细胞膜上）。四个环的中
央有鞭毛杆串插着，在L环与P环间还有一个画柱体构造，鞭毛杆的外侧连着一个钩
形鞘，其上长有一条长约10〜20μm的鞭毛丝。鞭毛丝一般由3股以螺旋方式、平行方式或中间方式紧密结合在一起的鞭毛蛋白链组成。每一股链由许多球状的鞭毛蛋白亚基螺旋状排列而成，革兰氏阳性细菌例如枯草杆菌等的鞭毛结构较为简单，其基体仅由S和M两个环构成。如下图所示：