抗霉菌生物活性物质的筛选比较困难，主要原因是霉菌是真核生物，与哺乳动物细胞的性质比较接近，许多具有杀霉菌功能的抗生素对人体也具有毒性。因此必须根据霉菌的特点进行筛选。例如霉菌的细胞壁含有大量的几丁质，而哺乳动物细胞则不含几丁质。虽然直接筛选霉菌细胞壁合成抑制剂的工作没有取得成功，但是以后采用了在无细胞体系中对几丁质合成酶的抑制剂进行筛选，却成功地筛选到了多氧菌素（Polyoxin）和三国霉素（Nikkomycin）这两种抗生素；另外通过对葡聚糖（霉菌细胞壁的另一种主要成分）合成酶抑制剂的筛选，发现了一种辣白霉素的衍生物，具有抑制霉菌生长的良好效果。麦角固醇也是霉菌细胞膜的特有成分，因此有人提出通过活性物质和麦角固醇的亲和性来筛选新抗生素。在霉菌的蛋白质合成系统中有一种必需的物质称为伸长因子 EF-3，该蛋白质的抑制剂已经显示出是一种新的、对人体无毒的抗生素。其他筛选抗霉菌的新抗生素的方法也引起了人们的重视，如天冬氨酸蛋白酶抑制剂等。