抗病毒抗生素的经典筛选方法基于是否能够抑制受病毒粒子感染的细胞单层上形成裂解噬菌斑。具体方法如下：将受新城（New castle）病病毒感染的鸡胚胎成纤维细胞悬浮液涂在琼脂平板上，上面覆盖一张浸渍了试验样品的滤纸，将平板进行培养并用中性红染色，如果细胞被染色，说明具有抗病毒活性。抗微生物病毒的抗生素也用类似的方法筛选，只是用细菌和DNA或RNA噬菌体作作为试验体系。随着病毒酶的发现，现在已开始应用目标更明确的筛选方法。一个典型的例子是日本国立健康研究所筛选逆转录病毒的逆转录酶抑制剂时所采用的方法，他们利用poly（dT）poly（A）共聚物作为模板，测定被鼠白血病病毒蛋白催化的DNA合成，用这种方法他们筛选得到了逆转录酶的抑制剂——制逆转录酶素Revistin。在进行这类筛选工作时，需要注意的是必须避免体系中存在蛋白酶，否则会得到错误的信息，因此在试验前要加热到到100℃使蛋白酶失活。重组DNA技术的发展为将病毒蛋白克隆到细菌细胞并大量表达提供了方便，这对于抗病毒抗生素的筛选创造了有利条件。抗逆转录酶抑制剂、HIV病毒蛋白酶抑制剂及病毒蛋白与细胞受体的竞争键合剂等都是筛选的目标。