通过基因操作及筛选获得重组子后，最重要的问题就是目的基因的表达效率。提高表达效率是一个多学科交叉的问题，应该在基因体外重组的初期就考虑基因表达效率的问题，然后通过工程实践进行优化，并将工程中发现的问题不断进行改进。需要通过生物科学家和工程科学家的共同努力。

在基因重组的前期工作中，影响目的基因表达的主要因素是：宿主细胞选择、基因密码子优化、质粒或其他载体的选择及设计、抗性标记设计、诱导剂或诱导方法选择及设计、产物表达方式设计等。这些问题已经在前面几节中进行了讨论，如果要了解更详细的细节，可以参考有关专著和研究论文。值得指出的是：这些问题虽然已经有了必要的理论指导，但仍无法保证就能够获得高效表达，而且经验往往占有很重要的地位。

从工程角度考虑，要获得高效表达应该做好如下工作：宿主细胞培养基设计和培养条件优化、提高培养过程中的质粒稳定性问题、降低底物和/或产物（副产物）抑制的策略等。本节将针对基因重组微生物培养及目标产物表达进行讨论。