造纸工业是造成环境污染的重要污染源。造纸厂的污水主要来自造纸原料的脱木素和纸浆的漂白。人们之所以对白腐真菌感兴趣就是因为它们有可能改变传统化学制浆和化学漂白废水处理的现状，发展生物制浆和漂白废水生物处理的新工艺，达到降低污染、提高资源利用率和纸制品质量的目的。

白腐菌用于生物制浆可以采用两种方法：直接用菌丝体或经提取后的酶降解木质素。在直接用白腐菌处理硬木牛皮纸浆时取得了较好的效果，五天后纸浆的Kappa指数（Kappa指数是造纸工业常用的木质素含量指标）从11.6降到了7.9；在处理软木牛皮纸浆时直接效果并不明显，但是进一步用碱抽提后，Kappa指数降到了8.5，而不经白腐菌处理、直接用碱抽提时Kappa指数只能降到24，表明白腐菌在处理软木牛皮纸浆时也起着重要作用。直接用白腐菌制纸浆的另一个优点是不需要加过氧化氢，因为菌丝中的乙二醛酶能为木素过氧化物酶提供必须的过氧化氢。但是由于白腐菌也产生纤维素酶，直接应用菌丝也造成了一部分纤维素的降解，从而降低纸浆的收率。采用经过提纯的酶则可以避免纤维素损失。由于过氧化物酶需要过氧化氢参与才具有降解木质素的功能，因此一般不用提取的过氧化物酶，而是应用漆酶。单独用漆酶处理硬木牛皮纸浆时效果也不理想，要与ABTS （2,2'-azinobis-3-ethylbenzthiazoline-6-sulphonate）共同处理，五天后纸浆的Kappa指数可以从12.1降低到9.2。目前生物制浆正处于工业化试验阶段，如果与机械磨浆结合，能够达到较好的效果。

白腐菌用于纸浆漂白废水处理已经取得了很大进展，一般都直接利用白腐菌菌丝进行处理，还有人应用固定化菌丝。经过3～4d的处理后，废水的脱色率可以达到90%，COD和BOD降低60%以上，氯代有机物可减少45%，50%以上的芳香族化合物被降解，利用固定化菌丝的反应器可以连续操作30d以上。