微生物降解有机化合物时，由于有机化合物的结构和元素组成有很大的不同，它们被降解的难易程度也就存在着很大的差异。有机物的不同化学基团在微生物表面不同的部位进行吸附和反应，而且反应往往从有机物分子所含的基团开始。如果以有机物所含的官能团降解的难易程度进行排序，则有：羧基>醛基>酮基>羟基>胺基>卤代基。由此可见含卤素基团的有机化合物是最难被微生物降解的。含卤素的有机化合物因其用途广泛而成为主要的环境污染物之一，而且绝大部分有毒，会引起人类的多种疾病，有些甚至引起癌症。因此研究降解含氯有机化合物的微生物是一项很有意义的工作。

与其他有机化合物相比，含氯有机化合物不易被微生物降解的主要原因是因为氯并不是微生物的必需元素。微生物的主要结构物质，如蛋白质、核酸、多糖及脂类物质中都不需要氯元素，即使细胞需要氯离子，也能够从环境(如水、土壤等)中大量获得，因此细胞中几乎不具备将含氯有机化合物转化为不含氯中间产物的酶系。

最初对含氯有机化合物的降解研究试图采用常规的混合微生物体系，如活性污泥，但往往不能获得满意的效果。后来，人们通过在含有含氯有机化合物的培养基中的富集培养和“驯化”，诱导出降解含氯有机化合物的酶系，获得了可以降解含氯有机化合物的菌株。可以降解含氯有机化合物的主要微生物属于假单胞菌属、分枝杆菌属、甲基单胞菌属、不动杆菌属、亚硝化单胞菌属及生丝微菌属等。上一节介绍的白腐菌也具有降解含氯有机化合物的能力，因此能用于含氯的纸浆漂白废水处理。通过富集、诱导和“驯化”等方法，可以使许多微生物具有降解含氯有机化合物的能力，但是降解的机理和参与降解的酶系却有很大的差别，有些能产生脱氯酶，有些是通过还原脱氯作用，更多的是各种氧化酶在起作用。