目的基因和载体重组并进入宿主细胞后，由于操作失误及不可预测因素的干扰等，并不能全部按照预先设计的方式重组和表达，真正获得目的基因并能有效表达的克隆子只是其中的一小部分，绝大部分仍是原来的受体细胞，或者是不含目的基因的克隆子。为了从处理后的大量受体细胞中分离出真正的克隆子，目前已建立起一系列的筛选和鉴定方法。

重组体筛选的方法很多，归纳起来可分为两种：在核酸水平或蛋白质水平上筛选。从核酸水平筛选克隆子可以通过核酸杂交的方法。这类方法根据DNA-DNA、DNA-RNA碱基配对的原理，以使用基因探针技术为核心，发展了原位杂交、Southen杂交、Northen 杂交等方法。从蛋白质水平上筛选克隆子的方法主要有：检测抗生素抗性及营养缺陷型、观测噬菌斑的形成、检测目标酶的活性、目标蛋白的免疫特性和生物活性等。

无论采用哪一种筛选方法，最终目的都是要证实基因是否按照人们所要求的顺序和方式正常存在于宿主细胞中。