（3）细胞分离培养：可选用McCoy、HEla-229、FL、HL等对衣原体敏感的长成单层的细胞，载体可用玻璃小瓶或塑料培养板，在底部可预置适当大小的盖玻片。接种标本后，1800—3000g离心1h，促进EB进入细胞。吸附1h，吸去上清液，加入含放线菌酮0.5ug的1640维持液， 35℃CO2孵箱或密封培养，48—72h后取出盖玻片，漂洗、甲醇固定后，可作吉姆萨、碘液或单克隆抗体荧光抗体染色，高倍显微镜或荧光显微镜下观察包含体。必要时，亦可作盲目传1—3代。 
    细胞培养法的敏感性为80%—90%，特异性为100%，是目前诊断沙眼衣原体感染最可靠的方法，因此是评价其他实验室诊断方法的金标准。 
（1）涂片检测：包括结膜涂片和宫颈拭子涂片，前者可用吉姆萨染色或单克隆抗体荧光抗体染色，寻找包含体；后者可用单克隆抗体荧光抗体染色寻找涂片中的RB（始体）或EB颗粒。此法敏感性较低，与细胞培养法比较，敏感性仅为70%—80%，特异性为80%。但此法在于简便易行。约需20min，但需有高质量的单克隆抗体和荧光显微镜，且观察人员必须有丰富的经验。 
（2）ELISA检测衣原体抗原此法应用的主要是结膜刮片、尿道和宫颈拭子，时间需2—3h。一般报告其敏感性为62%—98%，特异性为92%—98%。有经验的实验室人员，诊断泌尿生殖道衣原体感染时，其敏感性为细胞培养的70%—80%。但经不断改进后的多家公司生产的诊断试剂，其敏感性已提高到85%—90%。 
（3）快速诊断试剂：最近出现了一些快速诊断试剂，例如美国加利福尼亚州新传生物技术公司生产的CHLAMYGEN衣原体快速诊断试剂盒是一种酶反应检测系统，含有一合成底物，预置于特制的拭子上。用此拭子采集尿道或官颈的上皮细胞，滴加所附试剂A和B各2滴于拭子上，等待10min，再滴加2滴试剂C，1min内出现紫色者为阳性。全过程只需12min，确实快速 。与细胞培养法相比，其敏感性为97.2%，特异性为99.2%。但一些专家认为，目前的一些快速诊断试剂，还都存在着敏感性和特异性方面的问题。 
（3）检测特异性抗体———微量免疫荧光检测法：Wang等创建的微量免疫荧光（MIF）技术，是检测衣原体抗体较好的方法。此项技术可作分离物的血清学分型，也可严格应用于血清流行病学的研究。它可给人们提供多方面有用的资料：临床致病谱和感染的后果，在不同人群中流行病学的分布。这是一种主观性较强的试验，因此观察者需要有丰富的实践经验。一般认为此法不适用于诊断衣原体的早期感染，且敏感性和特异性均不高。然此法作为流行病学调查，颇为简便。 
    用此法测定的型抗原是位于衣原体表面的表面抗原。可用强碱处理（pH12.5，37℃，1h），溶解于氯仿一 甲醇一水中，分层提取脂类 。该型抗原不会被1%胰酶、链霉蛋白酶或过碘酸盐所破坏，是与蛋白质结合的类脂半抗原。微量免疫荧光技术把沙眼衣原体共分为15个血清型：即A、B、Bb 、C、D、E、F、G、H、I、J、K和L1、L2、L3，前12型称为沙眼包含体结膜炎衣原体，后3型为淋巴肉芽肿衣原体。