微生物的分类系统 
    这里仅简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。
    1  原核生物界（Procaryotae）
  （1） 光能营养原核生物门
     Ⅰ 蓝绿光合细菌纲（蓝细菌类）
     Ⅱ 红色光合细菌纲
     Ⅲ 绿色光合细菌纲
  （2）化能营养原核生物门
     Ⅰ  细菌纲
     Ⅱ 立克次氏体纲
     Ⅲ  柔膜体纲
     Ⅳ  古细菌纲
    2  真核微生物（Eucaryotic microbes）
    真核策生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。
    真菌划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。真菌可分以下四纲：
    Ⅰ 藻状菌纲　菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
    Ⅱ 子囊菌纲　菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。
    Ⅲ 担子菌纲　菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。
    Ⅳ 半知菌纲　包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的真菌。
    粘菌也可分为四纲，即
    Ⅰ 网粘菌纲　自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络——假原质团。
    Ⅱ 集胞粘菌纲　分泌集胞粘菌素，形成假原质团。
    Ⅲ 粘菌纲　形成原质团，腐生性自由生活。
    Ⅳ 根肿病菌纲　形成原质团，专性寄生。亦有将之归于真菌类。