先将组织称重后匀浆，匀浆以后，可以根据实验组织的染菌情况，进行不同稀释度的菌液涂板计数，即将培养好的细菌液体，进行倍比稀释，滴种，每个稀释度可滴种三次，取平均值，采取平板活菌计数法。 如果感染的菌只是一种，或者只需要检测其中某一种菌的数量多少，就可以用适合该菌的培养基做成平板，把组织匀浆按不同稀释度稀释，然后均匀涂布在平板上培养，以长出的菌落进行计数。
根据要培养的菌是厌氧还是需氧，培养的难易程度有所不同，具体问题具体分析，不过如果用比浊管来进行计数可能过于粗糙，难以得到确信的数值。如果需要相对定量，可以考虑用600nm的OD值来确定菌的浓度。
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