1、应参考国家标准和相关文献，对所有可能的使用者都介绍生物安全柜的使用方法和局限性。应当发给工作人员书面的规章、安全手册或操作手册。特别需要明确的是，当出现溢出﹑破损或不良操作时，安全柜就不再能保护操作者。
　　2、生物安全柜运行正常时才能使用。
　　3、生物安全柜在使用中不能打开玻璃观察挡板。
　　4、安全柜内应尽量少放置器材或标本，不能影响后部压力排风系统的气流循环。
　　5、安全柜内不能使用本生灯，否则燃烧产生的热量会干扰气流并可能损坏过滤器。允许使用微型电加热器，但最好使用一次性无菌接种环。
　　6、所有工作必须在工作台面的中后部进行，并能够通过玻璃观察挡板看到。
　　7、尽量减少操作者身后的人员活动。
　　8、操作者不应反复移出和伸进手臂以免干扰气流。
　　9、不要使实验记录本﹑移液管以及其他物品阻挡空气格栅，因为这将干扰气体流动，引起物品的潜在污染和操作者的暴露。
　　10、工作完成后以及每天下班前，应使用适当的消毒剂对生物安全柜的表面进行擦拭。
　　11、在安全柜内的工作开始前和结束后，安全柜的风机应至少运行5min。
　　12、在生物安全柜内操作时，不能进行文字工作。