一)乳房
乳分泌出来时本应是无菌的，但微生物常常污染乳头开口并蔓延至乳腺管及乳池，挤乳时，乳汁将微生物冲洗下来，带入鲜乳中。因此，挤乳时最好把头乳弃去。
正常存在于乳房中的微生物，主要是一些无害的球菌。当刚从健康畜体内挤出时，乳汁所含的细菌数并不多，每毫升在几个到几千个之间。当乳畜患有结核病、布鲁氏杆菌病、炭疽、口蹄疫、李氏杆菌病、伪结核、胎儿弯曲杆菌病等传染病时，其乳常成为人类疾病的传染来源。来自乳房炎、副伤寒患畜的乳，可能引起人的食物中毒，因此，对乳畜的健康状况必须严格监督，定期检查。
二)乳畜体表
乳畜体表及乳房上常附着粪屑、垫草、灰尘等。挤乳时不注意操作卫生，这些带有大量微生物的附着物就会落入乳中，造成严重污染。多为芽胞杆菌和大肠杆菌。
三)容器和用具
乳生产中所使用的容器及用具，如乳桶、挤乳机、滤乳布和毛巾等不清洁，是造成污染的重要途径。特别在夏秋季节，当容器及用具洗涮不彻底，消毒不严格时，微生物便在残渣中生长繁殖。这些细菌多属耐热性球菌(约占70％)和杆菌，一旦对乳造成污染，即使高温瞬间灭菌也难以彻底杀灭。
四)空气
畜舍内飘浮的灰尘中常常含有许多微生物。通常每升空气中含有50—100个细菌，有尘土者可达1000个以上。其中多数为芽胞杆菌及球菌，此外也含有大量的霉菌孢子。挤乳前1小时不宜清扫。
五)水源
用于清洗牛乳房、挤乳用具和乳槽所用的水是乳中细菌的一个来源。主要是一定数量的嗜冷菌。
六)蝇、蚊等昆虫
七)饲料及褥草
乳被饲料中的细菌污染，主要是在挤乳前分发干草时，附着在干草上的细菌(主要是芽胞杆菌，如酪酸芽胞杆菌、枯草杆菌等)，随同灰尘、草屑等飞散在厩舍的空气中，污染了牛体和用具，或挤乳时直接落入乳桶，造成乳的污染。混有粪便的褥草，往往污染乳牛的皮肤和被毛，从而造成对乳的污染。
八)工作人员
乳业工作人员，特别是挤乳员的手和服装，常成为乳被细菌污染的来源。如果工作人员患有某些传染病，或是带菌(毒)者，则更危险。
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