生物安全柜如果使用不当，其防护作用将大打折扣。当生物安全柜安装后，或每次检修后，或每隔一定时间，应由有一定资质的专业人员按照生产商提供的说明，对每一台生物安全柜的运行性能和完整性进行验证，以检查其是否符合国家和国际的相关性能标准。安全柜防护效果的评估应该包括：安全柜的完整性、HEPA过滤器的泄漏、向下气流的速度、正面气流的速度、负压/换气次数、气流的烟雾模式以及警报和互锁系统等。还可以选择光照度、紫外线强度、噪声水平以及振动性的测试。

生物安全柜的维修工作应该由具有资质的专业人员负责。在使用生物安全柜过程中出现的任何故障都应及时报告，经维修并检验合格后方可继续使用。

生物安全柜在移动以及更换过滤器之前，必须清除污染。该项工作应由有资质的专业人员来完成。最常用的方法为甲醛熏蒸。