矿质元素、生长因子：微生物生长繁殖需要P、K、Na、S、Mg、Ca等主要矿质元素以及Fe、Cu等微量元素，因此培养基中常加入K2HPO4、KH2PO4、MgSO4、NaCl、KCl、FeSO4等无机盐类；生长因子主要是调节微生物代谢活动的B族维生素，常由酵母膏、肝浸出液等提供。许多天然成分的原料如牛肉膏、麦芽汁、玉米粉、豆芽汁等，含有各种无机元素和生长因子，不需另外添加。
培养基的制备方法 
以下为常规方法，如配方中有特殊规定或要求，以配方为第一依据。
1.根据配方，计算各种营养成分用量。一般药品可用普通药物天平称量，用量少的药品，可按比例配成高浓度溶液，再按所需量用移液管吸取。称好的药品放入玻璃烧杯或搪瓷杯中。
2.在另一容器中将所需量的水(一般可用自来水，有特殊要求时需用蒸馏水)加热，取全量的1/3左右倒入放药品的容器中，用玻璃棒搅拌，待药品全溶后，再将其余热水全部倒入。
3.若配制固体培养基，则称取1.5～2％的琼脂放入已溶化的营养液中，继续加热至琼脂全部溶解。加热中随时搅拌，防止溢出或糊底。烧糊的培养基营养物质破坏，并产生有毒物质，不宜再用。
4.待溶化的培养基稍冷却后，按配方要求调整pH值。先取10毫升培养基装入试管中，用pH试纸测其自然pH，再用1％NaOH(或1％HCl)调至所需pH，根据用量计算，换用10％NaOH(或10％HCl)调整所配全量培养基的pH。加碱(或酸)溶液时，应边滴加边搅拌，至应加量将近用完时，再次测试，最后调至要求的pH值。
5.配好的培养基，根据需要趁热分装至试管或锥形瓶中。分装需用漏斗，以免琼脂粘在管口或瓶口上。装瓶量一般为瓶容量的1/3～1/2；装试管一般为试管高度的1/5～1/4，以免灭菌时培养基上溢，粘湿棉塞。
6.用预先制好的棉塞塞住管口或瓶口。棉塞既有利于通气，又有滤菌作用，故松紧、大小应适当，以免使用时影响操作(如图)。
最后用牛皮纸或报纸包住棉塞，扎紧在瓶颈或试管上方，以免灭菌时水蒸汽沾湿棉塞或脱落。
7.灭菌后取出的固体培养基，根据需要可将试管立即斜放，冷凝后即成斜面培养基，用于菌种扩大培养及保藏；锥形瓶中的培养基，倒入无菌培养皿中，冷凝后即制成平板培养基，可用于菌种的分离、鉴定等。液体培养基冷却后可直接根据需要接入菌种。