清洁的玻璃器皿是得到正确的实验结果的重要条件之一。清洗的目的就在于除去玻璃器皿上的污垢（灰尘、油污、无机盐等物质），使其不能妨碍得到正确的实验结果。通常清洗方法有两种，一是机械清洗方法，即用铲、刮、刷等方法清洗；二是化学清洗方法，即用各种化学去污溶剂清洗。具体的清洗方法要依污垢附着表面的状况及污垢的性质决定。
各种玻璃器皿的洗涤方法
（1）新玻璃器皿的洗涤法 新购置的玻璃器皿（包括载玻片、盖玻片、试管、吸管、平皿、三角瓶等）含有游离碱，应用2％的盐酸溶液浸泡数小时，以中和其碱质，再用水充分冲洗干净。
（2）载玻片及盖玻片的洗涤法 用过的载玻片放入1％洗衣粉溶液中煮沸20～30min（注意溶液一定要浸没玻片，否则会使玻片钙化变质），待冷却后，逐个用自来水洗净，浸泡于95％的乙醇中备用。盖玻片散入1％的洗衣粉溶液中，煮沸1min，待稍冷后再煮沸1min，如此重复2～3次（如煮沸时间过长会使玻片钙化变白且变脆易碎）。待冷却后用自来水冲洗。洗净后于95％的乙醇中浸泡。带有活菌的载玻片或盖玻片可先浸在5％石炭酸，或2～3％来苏水，或0.1％升汞溶液中消毒24～48小时后，再按上述方法洗涤。使用前，可用干净纱布擦去酒精，并经火焰微热，使残余酒精挥发，再用水滴检查，如水滴在玻片上均匀散开，方可使用。
（3）血球计数板的清洗 血球计数板（或Petrof Hausser细菌计数板）使用后应立即在水龙头下用水冲净，必要时可用95％酒精浸泡，或用酒精棉轻轻擦拭，切勿用硬物洗刷或抹擦，以免损坏网格刻度。洗涤完毕镜检计数区是否残留菌体或其他沉淀物，若不干净，则必须重复洗涤至洁净为止。洗净后自行晾干或用吹风机吹干，放入盒内保存。
（4）一般玻璃器皿的洗涤法 三角瓶、培养皿、试管等可用毛刷蘸洗涤剂或去污粉或肥皂洗去灰尘、油污、无机盐等物质，然后用自来水冲洗干净。如果器皿要盛高纯度的化学药品或者做较精确的实验，可先在洗液中浸泡过夜，再用自来水冲洗，最后用蒸馏水洗2～3次。洗刷干净的玻璃器皿烘干备用。
染菌的玻璃器皿，应先经121℃高压蒸汽灭菌20～30min后取出，趁热倒出容器内的培养物，再用热的洗涤剂溶液洗刷干净，最后用水冲洗。染菌的移液管和毛细吸管，使用后应立即放入5％的石炭酸溶液中浸泡数小时，先灭菌，然后再冲洗。
（5）含有琼脂培养基的玻璃器皿的洗涤法 先用小刀或镊子、玻璃棒将器皿中的琼脂培养基刮下。如果琼脂培养基已经干燥，可将器皿放在少量水中煮沸，使琼脂熔化后趁热倒出，然后用水洗涤，并用刷子沾洗涤剂擦洗内壁，然后用清水冲洗干净。
如果器皿上沾有蜡或油漆等物质，可用加热的方法使之熔化后揩去，或用有机溶剂（苯、二甲苯、丙酮等）擦拭；如器皿沾有焦油、树脂等物质，可用浓硫酸或40％氢氧化钠溶液浸泡，也可用洗涤液浸泡。
（6）光学玻璃的清洗 光学玻璃用于仪器的镜头、镜片、棱镜、玻片等，在制造和使用中容易沾上油污、水溶性污物、指纹等，影响成像及透光率。清洗光学玻璃，应根据污垢的特点、不同结构选用不同的清洗剂、清洗工具及清洗方法。