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首先，进行三糖铁试验和赖氨酸脱羧酶试验。
煮沸三糖铁琼脂培养基2-3次，分装试管后于121℃高压灭菌锅中灭菌15分钟，此后制成高层斜面，斜面与底层比例为2：3。（注意：若培养基灭菌前不煮沸会造成琼脂溶解不完全，在制备斜面时会出现不凝固或凝固不完全的现象。）
自选择性琼脂平板上分别挑取2个以上典型或可疑菌落（示例BS平板上有两种疑似菌落），接种三糖铁琼脂，先在斜面划线，再于底层穿刺（注意若先穿刺再划线可能会导致含菌量太高，干扰结果判别）；
接种针不要灭菌，直接接种赖氨酸脱羧酶试验培养基（同时做氨基酸脱羧酶对照试验，均加灭菌石蜡覆盖培养基液面）和营养琼脂平板，于36℃±1℃培养18 h~24 h，必要时可延长至48 h。本管变紫色，对照管变黄色，为阳性；本管与对照管均变黄色为阴性。
三糖铁试验现象观察：若为黄色，则为产酸，记为A；若为红色，则为产碱，记为K；若底层变黑，则为硫化氢阳性；若出现气泡或断层，则为产气阳性。在三糖铁琼脂和赖氨酸脱羧酶试验培养基内，沙门氏菌属的反应结果见表2。可知BS平板上的两种（菌1和菌2）菌株均为可疑沙门氏菌属。

之后，进行靛基质试验、尿素酶试验、氰化钾试验
从营养琼脂平板上挑取单个菌落至无菌生理盐水中，混匀细菌悬液，每个生化管加入100 μL菌悬液。于36 ℃±1 ℃培养18 h~24 h，必要时可延长至48h，注意蛋白胨水试验结果观察前需加Kovacs氏靛基质试剂2-3滴，有红色环为阳性，不变色或黄色为阴性；尿素琼脂红色为阳性，不变色或黄色为阴性；进行氰化钾试验的同时需做氰化钾试验对照，氰化钾对照生长，溶液变浑浊时，氰化钾不生长为阴性，生长为阳性。
之后按表3判定结果。将已挑菌落的平板储存 于2 ℃~5 ℃或室温至少保留24h，以备必要时复查。

由表3可知，菌1表现为A1序号且无异常项，因此判定为沙门氏菌属，如尿素、KCN 和赖氨酸脱羧酶3项中有1项异 常，按表4可判定为沙门氏菌。如有2项异常为非沙门氏菌。

菌2表现为A3序号，需补做ONPG。ONPG黄色或深黄色为阳性，无色为阴性。ONPG阴性为沙门氏菌，同时赖氨酸脱羧酶阳性，甲型副伤寒沙门氏菌为赖氨酸脱羧酶阴性。由于菌2为ONPG阴性且为赖氨酸脱羧酶阴性，因此为甲型副伤寒沙门氏菌。
此外，若疑似菌株表现为A2序号，需补做甘露醇和山梨醇试验，沙门氏菌靛基质阳性变体两项试验结果均为阳性，但需要结合血清学鉴定结果进行判定。